La mejora de la flora intestinal tras la ingestión regular de inulina se ha comprobado en diversos experimentos. También se ha observado que en bebés que no toman leche materna (rica en prebióticos), la adición de inulina u oligosacáridos con efecto prebiótico a las fórmulas infantiles potencia el desarrollo de la flora intestinal beneficiosa. Esto es beneficioso, porque protege al bebé frente a infecciones estimulando su sistema inmunitario intestinal.
En 2001, un estudio publicado en la revista Journal of Pediatric Gastroenterology Nutrition confirmaba dicha afirmación. La investigación analizó el porcentaje de bifidobacterias en heces de bebés alimentados con una fórmula estándar o con una fórmula adicionada con inulina y fructooligosacáridos (de efectos similares a la inulina). En la primera semana, la diferencia no era muy notable. En las heces de los bebés alimentados con fórmula estándar, las bifidobacterias suponían el 27,5% del total, frente al 30,7% de los alimentados con fórmula enriquecida con prebióticos. Al cabo de seis semanas la diferencia se hizo evidente. En los bebés alimentados con fórmula enriquecida, el porcentaje de bifidobacterias en las heces (59,4%) duplicaba al de los bebés nutridos con fórmula estándar (31,7%).
Con fundamento en este y en otros estudios similares, la Comisión Científica de Alimentación de la Comunidad Europea redactó en diciembre de 2001 el Informe adicional del uso de hidratos de carbono resistentes de cadena corta, fructo-oligosacáridos (FOS) y galacto-oligosacáridos (GOS), en fórmulas de inicio y continuación. En dicho documento se concluye que pueden usarse prebióticos en fórmulas infantiles en concentraciones de hasta 0,8 gramos por 100 mililitros, cantidad considerada como segura.
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